Sin embargo, tras una negativa participación en el Torneo de Apertura y en el de Clausura, y después de cuatro años en Primera División, el elenco de Deportes Temuco volvió a descender a Primera B, debido a que terminó con el más bajo puntaje en la tabla de descenso acumulado, con solo 34,1 puntos ponderados. Al año siguiente, con Carlos González como entrenador, Deportes Temuco logró llegar a play offs, junto a Universidad de Chile, como «mejor perdedor» en el Torneo de Apertura 2004. Sin embargo, luego de empatar 1-1 en el partido de ida con Cobreloa, el club cayó 1-3 en el de vuelta y quedó fuera de la competencia.