En su retorno a Primera, realiza una buena campaña y acaba 7.º en liga. Debutó por primera vez en Primera División, el 31 de agosto de 1998 contra el Real Madrid en el Santiago Bernabéu, cayendo por un marcador de 4-1. Aun así, el Villarreal (al mando de José Antonio Irulegui) tuvo una buena primera vuelta de campeonato, destacando los triunfos sobre el U. D. Salamanca por 5-0 en El Madrigal y sobre el F. C. Barcelona de Louis Van Gaal (1-3 en el Camp Nou).